第二季开篇紧接第一季结尾，地表“圣域”教派总坛被联邦部队摧毁，少数核心信徒在圣女塞西莉亚带领下，逃入城市废弃地铁系统。在隧道更深处，他们意外发现了一个冷战时期建造的地下军事设施，其中保存着完整的生态系统和一台能够预测“完美社会”的量子计算机——“约柜”。塞西莉亚宣布这是神赐的“真圣域”，开始用计算机生成的行为准则统治幸存者团队。但前工程师凯文发现，“约柜”的预测模型并非基于神学，而是通过对人群进行持续心理操控实验来制造“完美服从”。与此同时，地面上感染了第一季“圣化气体”的部分人开始发生变异，长出感知电磁场的器官，他们反过来试图摧毁“约柜”。本季核心冲突在于：是接受被计算的和平，还是拥抱痛苦的自由？最终凯文在季终集启动了自毁程序，所有人被迫回到已被核辐射笼罩的地表，在废土上重新学习如何做人。
第二季彻底转向了反乌托邦经典，从宗教狂热跳到了技术神权，思想深度吊打第一季。地下空间的压抑感和量子计算机的冰冷预言，制造了持续性毛骨悚然。季终集全员走上辐射地面的长镜头，堪称神级调度。
▶
父亲去世后，三个孩子收到他的遗物：一沓从未寄出的“万分感谢”卡。
▶
一名严重失眠的年轻母亲，在白天的城市里漫无目的地行走，试图在别人的生活中找到自己丢失的睡眠。
▶
1980年的选美冠军在病床上老去时突然回到18岁，她决定不再为家人牺牲，而要为自己活一次。
▶
五个离婚的陌生人参加治愈旅行，原本不相信爱情的他们，却在旅途中重新找回了心动。
▶
一名女刑警潜入全球最大的暗网器官交易平台“肉食市场”，却发现该平台的买家名单里，排第一的是国家情报院的秘密账户。
▶
完美妻子突然抛夫弃子流浪街头，一年后她带着绝症诊断书敲响家门。
▶
在大城市打拼十年的设计师林悦被迫回乡，却发现自己的家被改成了“村播基地”。
▶
废柴保安被外星瓢虫咬了一口，获得超能力——变成一颗力大无穷的铁瓢，从此开启了啼笑皆非的打怪之路。
